Den 1. januar 2006 blev navnet ændret til Lolland-Falster Alliancen.
Den første formand for Alliancen var Nykøbing F. Kommunes borgmester, Poul-Henrik Pedersen, som overlod pladsen i 2002 til viceborgmester, Bent Jørgensen. Efter en kort periode overtog Poul-Henrik Pedersen igen formandsposten. I 2009 blev han afløst af Nykøbing FC’s nuværende direktør, Axel Castenschiold.
I 2010 valgte B1901 at trække sig, hvorefter B1921 fortsatte med at ”udlåne” deres bedste spillere til LFA.