1994 – Starten på samarbejdet
Det hele tog sin begyndelse den 1. januar 1994, da de traditionsrige klubber B.1901 (stiftet 8. november 1901) og B.1921 (stiftet 13. maj 1921) dannede overbygningen Nykøbing Falster Alliancen (NFA). Formålet var at samle kræfterne, styrke ungdomsarbejdet og sikre divisionsfodbold i Guldborgsund Kommune. 

2006 – Nyt navn: Lolland Falster Alliancen
Den 1. januar 2006 skiftede NFA navn til Lolland Falster Alliancen (LFA). 

2013 – Fusionen bliver permanent: Nykøbing FC
Den 1. juli 2013 fusionerede B.1901 og B.1921 formelt til det, vi i dag kender som Nykøbing FC. Med fusionen kom også ambitionen om at styrke ungdomsudvikling og fastholde divisionsstatus endnu mere på tydeligt hold.

2015 – Vision om Superliga i 2020
Kort efter fusionen lancerede klubben i 2015 en ambitiøs “Superliga 2020”-strategi. Projektet tiltrak prominente investorer og profiler som Claus Meyer, Mick Øgendahl og tidligere landsholdsspiller Claus Jensen. Strategien dannede fundament for den succes, som klubben få år senere skulle få. 

2021 – Stadionsponsor og oprykning
Den 3. juni 2021 skiftede hjemmebanen navn fra CM Arena til Lollands Bank Park. Samme år rykkede klubben tilbage til 1. division ved at vinde 2. division. 

2021- Sejr over de danske mestre
I september 2021 slog Nykøbing FC FC København 3‑0 i DBU Pokalen – en pokalsensation, der gav klubben national opmærksomhed. 

2022 – Historisk placering
Starten på 20’erne var i det hele taget en stor tid for Nykøbing FC. I 2021/2022 sluttede NFC som nummer seks i 1. division, og det betød en overordnet placering som nummer 18 i Danmark – et resultat, der ikke var set bedre i 40 år for et hold fra Lolland-Falster. Rekorden der stod for fald stod den ene af klubbens to moderklubber for i form af B. 1901. 

2023–2025 – Nedrykninger
Efter 2022–23 sæsonen røg Nykøbing FC ud af 1. division og spillede sæsonen 2023–24 i 2. division. I 2024/2025-sæsonen måtte man en tur i 3. division. 

2025 – Ny start og fokus på forretningen
I april 2025 blev en ny 2030-strategi lanceret, med fokus på økonomisk bæredygtighed, finansiel stabilitet, talentudvikling og lokal forankring. Nu skulle forretningen sikre, at man på sigt igen kunne drømme stort og senest i 2030 være tilbage i landets næstbedste række.